با نابود شدن مستر امرالد، ناکلز دنبال تکه‌های گمشده می‌گردد و سونیک همراه تیلز رد کائوس امرالدها را می‌گیرد. اما اگمن هم دنبال همان قدرت است و موجود مرموزی به نام کائوس کم‌کم همه‌چیز را خطرناک‌تر می‌کند.