شش ماه بعد از نبرد قبلی، آرامش دنیای سونیک با پیدا شدن یک زمرد کائوس و ظاهر شدن موجودی عجیب به هم میریزد. همزمان اگمن با رباتهای تازه و نقشهای بزرگ برمیگردد و سونیک باید قبل از بدتر شدن اوضاع وارد عمل شود.
