ناروتو پس از نبردی سنگین به هوش می‌آید، اما ناپدید شدن ساسکه و نفوذ ناگهانی پین به دهکده برگ اوضاع را بحرانی‌تر می‌کند. هم‌زمان تهدیدی بزرگ همه اهالی کونوها را درگیر می‌کند و شینوبی‌ها برای نجات دهکده دست به کار می‌شوند.