ناروتو و دیگر گنین‌های تازه‌کار برای یافتن چند تیم شینوبی ناپدیدشده به دهکده‌ای مرموز اعزام می‌شوند. با گم شدن جونین‌های همراه و ردهایی از جریان چاکرای زیرزمینی، مأموریت جست‌وجو به آزمونی خطرناک برای کار گروهی آن‌ها تبدیل می‌شود.