نیروهای متحد شینوبی در چند جبهه با تهدیدهای احیاشده و نفوذ دشمن روبه‌رو می‌شوند؛ از حفاظت ارباب‌های فئودال تا نبردهای خط مقدم، فرماندهان باید با تقسیم نیرو و شناخت قدرت‌های کمیاب چاکرا مسیر جنگ را کنترل کنند.