با آغاز جنگ بزرگ نینجاها، یگان‌های کماندو برای نفوذ، شناسایی و مقابله با حمله دشمن وارد قلمرو خطرناک می‌شوند. حضور نیروهای احیاشده کابوتو و تهدیدهای دیدارا و ساسوری، فشار روانی و تاکتیکی نبرد را از همان ابتدا بالا می‌برد.