با نزدیک شدن جنگ بزرگ نینجاها، دهکده‌های رقیب زیر پرچم نیروهای متحد شینوبی گرد هم می‌آیند و واحدهای عملیاتی شکل می‌گیرند. هم‌زمان ناروتو تمرین کنترل چاکرای نه‌دم را ادامه می‌دهد و تهدید آکاتسوکی جدی‌تر می‌شود.