بوروتو و همراهانش پس از کشف قلعه متحرک فوناتوها، برای جمع‌آوری اطلاعات و جلوگیری از تهدید یک ابزار نینجایی علمی وارد عمل می‌شوند. هم‌زمان سارادا و میتسوکی باید مسیر امنی برای مردم نجات‌یافته پیدا کنند.