شینجی بعد از اولین برخوردش با فرشته‌ها، گیج و بی‌قرار وارد توکیو-۳ می‌شود؛ شهری که زیر ظاهر معمولی‌اش برای جنگ ساخته شده. هم‌خانه شدن با میساتو شاید شروعی تازه باشد، اما خاطره اوا و پدرش رهایش نمی‌کند.